一、重點科目
▍ 生命科學概論
課程內容主要是協助學生瞭解生物學的範疇，與其應用發展與人類生活的關係，在綜合各種生物學及分子細胞學現象，並初步介紹生物學概念後，將帶領同學從這些生命科學概念，去觀察人類生活的種種法則。
▍ 生物（產業）機電工程概論
本課程主要的目的是讓同學認識生物機電工程各領域的現況與發展，並說明從事各領域生涯所需具備的知識與應修習的專業課程，使其能及早進行生涯規劃、發揮潛力，並希望學生能瞭解生物產業機電工程學系的教學研究概況，且配合專案實作，讓學生具備實務經驗。
▍ 工程圖學與電腦製圖
本課程主要內容可分成好幾個部分，其中包含圖學概論、製圖儀器及其用法、線法與字法、應用幾何學、正投影、立體圖、輔助視圖、剖視圖、尺寸標註、公差與配合、幾何公差以及表面粗度等議題，授課的方式採用理論與實作並行，除了用傳統製圖方式加以演練外，還強調電腦繪圖軟體方面的實作，例如：AutoCAD軟體，其目的是希望讓學生能充分瞭解製圖的原理和原則，並透過電腦繪圖的訓練方式，培養機械製圖的基本能力。
▍ 工廠實習
本課程內容主要是各種工廠安全衛生規定介紹，以及機器工具設備與量儀器的操作使用，其內容包含了鉗工、鑽孔技術基本學理與實務操作實習、車工技術基本學理與實務操作實習、銑工技術基本學理與實務操作，還有實習磨工技術的基本學理與實務操作實習等應用的實例講解，並藉由此課程來瞭解產業基礎技術應用、科技教育與工廠實習的關連性。
▍ 計算機程式語言
本課程主要是計算機硬體及軟體的基本介紹，從中逐步導入程式設計的觀念與方法，並以C語言和C++兩種程式語言為主，其內容著重於程式設計能力的訓練以及在工程上的應用，同時輔以程式設計過程所應注意之程式結構、偵錯、可攜性、軟體工程的基本概念，讓學生能夠建立設計程式語言的基礎。
▍ 工程數學
本課程的內容主要包含有矩陣、行列式、線性方程組、向量組的線性相關性、方陣的特徵值與特徵向量、相似矩陣、方陣的對角化、隨機事件及其概率、隨機變數及其分佈、多維隨機變數及其分佈、隨機變數的數位特徵、數理統計的基礎知識、參數估計、假設檢驗等方面的基本概念、基本理論和基本運算能力。期望同學在上完本課程後，得以掌握基本知識、基本思想以及基本方法，並藉由各個教學環節來逐步培養學生的抽象思維能力、邏輯推理能力、數學建模與實踐能力。不但如此，還著重培養學生的自學能力，注意理論和實際的連結，從中不斷提高學生的綜合素質以及運用所學知識，來解決實際問題。
▍ 應用力學
本課程內容主要有質點運動學、質點動力學、行星運動學、質點能量原理、質點動量原理、剛體平面運動學、剛體平面動力學，以及剛體平面能量原理與動量原理，其目標是讓學生能夠熟悉靜態載重下物體的平衡與受力行為，透過本課程的學習，使學生能掌握基本力學的概念、基本理論與計算方法。另外，也得以瞭解剛體和簡單剛體系統的受力分析、平衡條件，以及機械運動的基本規律。
▍ 熱力學
本課程主要為能源工程、機械工程、航空航太工程、材料工程、化學工程、生物工程等各個專業領域中的重要技術之基礎，而且也在許多工程領域中有廣泛的應用，其針對能源轉換、利用，特別是熱能轉換成機械能的原理、途徑、規律及提高轉換效率的方法等議題進行探討，內容包含了熱力學能、功和熱、熱力學第一定律、能量的可用性、熵和熱力學第二定律、理想氣體和水蒸氣的性質、熱力過程和熱力迴圈的分析等。
▍ 材料力學
本課程首先介紹應力、應變的基本觀念，然後再瞭解機械實驗所獲得的機械材料性質的意義。在三者觀念齊備之下，便可以開始學習軸向負荷、扭轉，以及彎曲的應力分析，最後由這些應力狀態來瞭解物體破壞的原因，達到對材料力學整體的觀念，其不僅能夠培養學生利用基本力學原理分析力學問題的能力，還能利用基本力學原理，將複雜的機械系統簡化成可分析的力學模型，進而再以邏輯化的方法進行計算。
▍ 機動學
本課程屬於機械設計的一門基礎課程，內容探討連桿、凸輪、齒輪及齒列等四項運動原理，以為機械整體設計之進階。換句話說，機動學是一門以運動中之機構為對象的學問，因此對運動中物體的速度、加速度必須有詳細的分析，作為計算各項作用力的基礎，並透過課程的訓練，使學生學習到各種機械機構原理及各種機械相關知識，並瞭解其特性與應用場合與光機電整合領域的相關發展及概念，以期能奠定機構設計所需的知識基礎。
▍ 電工學
課程主要讓學生學習電子學與電路學基礎，且介紹電動機械與常用電工材料，其內容包含基礎電學、電阻性電路分析、直流與交流電路的網路分析、穩態與暫態分析，以及介紹電子電路學中的半導體與二極體、電晶體、運算放大器與電工材料。
▍ 電工學實習
本實習課程主要是讓學生瞭解電工儀器儀錶的基本結構和工作原理，從中得以掌握電壓表、電流錶、萬用表、功率表、兆歐表、直流電橋等常用電工工具的正確使用方式以及安全注意事項。另外，還能清楚知道照明動力配線、低壓電纜的作業規範，以及學會電動機的拆裝、維護與排故方法。在實習的過程當中，會要求學生瞭解絕緣手套、絕緣靴和絕緣杆的使用方法和安全注意事項。不僅如此，也會讓學生熟悉電工安全作業的有關規程條款，跟觸電急救的人工呼吸方法。
▍ 機械工作法實習
本課程目標是在協助學生瞭解機械工作法，與在動力機械維修工作上的重要性，其主要內容包含基本量具使用、基本維修工具使用、基本機械工作法之鋸切、銼削、研磨與拋光、鑽孔、攻鉸螺絲、螺絲拆裝、電銲、氣銲設備使用等，希望透過此課程能讓學生瞭解機械工作法在動力機械維修工作上的重要性，培養學生具備使用基本的量具與維修工具、機械工作法，以及使用基本氣銲和電銲設備的能力。
▍ 流體力學
本課程主要是讓學生瞭解一些基本的流體力學觀點，其中包括重要的流體性質、流體種類、流體靜止與運動中壓力變化、流體運動學、描述與分析流動方法、柏努利方程式，讓學生瞭解流場中流體運動對壓力分佈所產生的影響。另外，也能藉由此課程來讓學生掌握流體平衡、運動及其能量之間的內在聯繫和轉換規律，並能正確理解、應用基本原理去分析與解決工程實際問題，從中也讓學生掌握基本的理論計算和實驗技能。
▍ 自動控制
在現代工程和科學的發展過程中，自動控制起著越來越重要的作用，它是現代工業生產及技術中重要而不可缺少的組成部分。本課程主要內容是介紹自動控制的基本理論，以及其工程分析和設計方法，使學生可以清晰的建立起線性回饋控制系統的基本原理和基本概念，初步學會利用經典控制理論的方法，即利用時域法、頻率特性法、根軌跡法等，來分析、設計自動控制系統。
▍ 電子學
本課程主要是著重在元件與基本電路認識，其內容包含微電子學介紹、二極體特性及其應用、金氧半場效電晶體電路，以及雙極接面電晶體電路的交直流訊號分析，藉以提升學生在類比電路上的分析與設計能力。
▍ 機械設計
本課程主要是介紹材料的機械性質、變形及破壞規律，從中讓同學瞭解常見機械的組成原理與結構形式、運動的特性與主要參數的確定方法，同時也清楚明白典型的機械零件結構，傳動裝置組成等方面的知識，藉以使學生掌握對機械傳動裝置進行力、力矩等的測試方法。
▍ 電子學實驗
本實驗課程主要是著力於探討電子電路，分析將電子元件用在電路中所呈現的行為表現。另外，電路設計以分析為基礎，依照一定的步驟流程，由瞭解電路結構的組成一直到元件的選擇，進而製作出實際成品，並評估系統是否符合預期的規格。藉由實作課程，使學生能夠將先前所學的電子學理論獲得驗證，增加電路實作能力、電子儀器操作能力及電路概念，並培養其解決電路問題的能力。
▍ 機電整合及實習
本課程主要是學習將機械、電機與資訊系統加以統整的系統化整合技術，並用於產品的設計與製造上。另一方面，也藉以加強工程科系的學生在機電整合方面的教育與訓練，其不僅著重於學理的介紹、實作能力的培養以及系統性能的評估，還強調如何將自動化系統所牽涉到的「機」與「電」整合起來，以達到預期的目標與功能。
▍ 生物產業機械
生物產業機械的應用，除舊有的農業機械範疇外，尚包括畜牧、漁業及人類本身的生活與衛生。由於生物技術的發展，生物產業所需的機械與工程技術亦呈現另一層面。本課程將依對象的特質區分為生物特性、動力能源、營養成分、土壤環境、管理技術、資訊控制及系統分析等主題，說明相關生物產業所需的機械與技術，其中，生產的對象包括作物、種子、秧苗等植物體，還有動植物的細胞及其組織有關的應用技術。
▍ 生物產業機械實習
本課程主要在使學生瞭解及實習田間作業機械，包含早期至今日的各式犁、耙的結構、作用原理及實際操作要領，同時加深學生對管理育成機械的認識與應用，以利學生多元學習及未來就業，其內容包括整地機具、耙以及播植機具等。
▍ 生物技術產業概論
本課程的目標為使學生增強跨領域能力及拓展全人宏觀視野，尤其全球化已是人類必須面對的環境變遷，因此本課程旨在培育學生以全球化的思維，探索人類現代生物技術產業的發展，進而強化其面對全球化競爭環境所須具備的宏觀視野與適應能力。
二、未來出路
1.生物（產業）科技、生物（產業）機電工程、生物資訊、醫學工程
2.機械工程、電機工程、資訊工程、車輛科技、自動化及控制等研究所
3.醫事類公務人員高等考試、法務部調查人員特考、地方人員特考
4.中研院、工研院、國衛院、國研院、農試所、生技中心、醫學中心
5.氣壓技術士、機電整合技術士、農業機械修護技術士、自動化工程師
6.台糖、台肥、台鹽、台灣菸酒、中鋼、中油等國營單位
7.機械工程師、機電工程師、自動控制工程師、環境檢測工程師
